Na úrovní České republiky je ČCE členem těchto ekumenických organizací:
založena ihned po rozpadu federálního Československa r. 1993. ERC má 11 členských církví, 2 přidružené církve, 5 pozorovatelských subjektů. Katolická biskupská konference je jednou z přidružených. Sídlo je v Praze.
je pravidelné forum členských církví společenství evangelických církví v Evropě v České republice. Leuenberský synod se koná každé dva až tři roky. Zástupce ČCE do českého leuenberského synodu volí synod ČCE.
Český komitet luterské světové federace
Českobratrská církev evangelická a Slezská církev evangelická augsburského vyznání založili v roce 2006 Komitét členských církví Světového luterského svazu v České republice, který se schází cca. třikrát ročně.
Českobratrská církev evangelická spolupracuje s těmito organizacemi:
byla založena 1920, obnovena 1990, je členkou světových Spojených biblických společností (United Bible Societies). Dbá o kvalifikované překlady bible a jejich vydávání, dostupné široké veřejnosti. Dále vydává pomůcky k výkladu bible v tiskové i elektronické podobě.